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| FAT | FAT 32 | NTFS | |
| MS DOS | Si |
No | No |
| Windows 3.X | Si | No | No |
| Windows 9X | Si | Si | No |
| Windows NT 4.0 | Si | No | Si |
| Windows 2000 | Si | Si | Si |
FAT: Sistema de gestión de archivos que aparece originalmente con el DOS. Es sencillo y fiable, pero presenta problemas de capacidad de direccionamiento, y el conocido problema de la longitud de los nombre de los archivos (8+3 caracteres).
FAT 32: Aparece con la mejora de Windows 95, para salvar los problemas de FAT. Puede direccionar hasta 2 Tb (2000 GB).
NTFS: Sistema de gestión de archivos que aparece con Windows NT 3. Proporciona nombre largos de archivos, seguridad y tolerancia a errores, mejor compresión de datos, direccionado hasta 2 TB, puede gestionar sistemas de discos múltiples tipo RAID, incorpora cifrado de datos, y soporta gestión de permisos de accesos sobre los archivos.
Windows 2000 puede utilizar cualquiera de estos sistemas, incluso utilizar distintos sistemas en distintas particiones del disco (si fuera necesario que convivieran varios sistemas operativos). Si sólo se usa Windows 2000, es recomendable que, por eficiencia, sólo se emplee NTFS.
No obstante:
Si la partición es menor de 2 Gb, se puede emplear FAT.
Si la partición es mayor que 2 Gb, pero menor que 32 Gb, se puede emplear FAT 32.
Si la partición es superior a 32 Gb, necesariamente ha de ser NTFS.
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